水经过磁化后破坏了生物细胞的离了通道，改变了水中微生物、生物的生长环境，使其丧失生存条件，从而起到杀菌灭藻的作用。
 Goldsworthy A研究认为当水以一定流速经过磁场时,所形成的洛仑兹力会对细胞结构产生影响.在磁场作用下,细胞壁的通透性加强,溶液中的少量Ca2+进入细胞内,刺激酶活性,加速细胞的生长,而磁场的长时间作用,使水中的大量离子和磁化产生的其它物质进入细胞而对细胞产生抑制作用,甚至杀死细胞. 
 梁文艳曲久辉研究发现磁场对循环水样表现出很好的杀藻效果,水样在磁场中累积停留时间为6min时,杀藻率可以达到94%,累积停留时间为10min时,杀藻率可以达到96%.处理后的水样,藻细胞密度在120h内没有增加,生长受到抑制，对于静置于磁场中的水样,处理1h后,藻的生长开始受到抑制.不同的处理方式会产生不同的效果。当水通过高频电磁场时,水分子作为偶极子被不断极化而产生扭曲、变形、反转、振动,且与外加电磁场共振使其他分子运动加强,使原来缔合形成的各种综合链状、团状大分子(H2O)n解离成单个水分子,最后形成比较稳定的双水分子(H2O)2,增强了水的活性,改变了水分子与其它离子的结合状态,从而能更有效地破坏细胞壁和细胞膜。